>>619
「1000行目」の定義が先頭から数えて999番目の改行の次、である以上ありません。
1行のバイト数を全て同一にすることができれば(この場合しばしば行ではなくレコードと呼ばれる)
1000番目のバイト位置を計算してそこから読むことができます。

FILE * を用いてシーケンシャルにたくさん読む場合は
setvbuf でバッファサイズを拡大しておくと高速になることも多いので試す価値はあるでしょう

いろんな行に何度もアクセスするなら、
全てメモリに読み込んだ上で各行の先頭位置を配列に記録しておくと良いでしょう。