フォームアプリの新規作成は推奨しないってアナウンスはあるんで、それのことじゃないかな。
https://support2.microsoft.com/kb/3001686

C++/CLIそのものはまだサポートされてると思う。廃止されたのはマネージ拡張。
マネージ拡張からC++/CLIへの移行ドキュメントとか、比較的最近の日付でメンテナンスされてるし。