なんか基本的な部分から盛大に勘違いしてそうだな

Direct3D使ってるならドライバ依存になるのはスワップチェインのバックバッファが
ターゲットウィンドウのサイズとかみ合わない場合に
Presentの呼び出しでウィンドウにフィットするように自動でスケーリングされる部分だ

ドライバ依存の挙動を回避したいならバックバッファをウィンドウに合わせてリサイズするのは必須なの

逆に、バックバッファの解像度をゲームの解像度と考える必要も無い

バックバッファがどんなサイズであれゲーム自体は固定サイズのレンダーターゲット用テクスチャにレンダリングし
バックバッファへはそのテクスチャをスプライトとして張り付けるだけ
拡縮フィルタリングをニアレストにするのもバイリニアにするのもアプリでしっかり管理できる
なんならシェーダでLanczosにしても良い