そのコーデックdllがCOM形式なら↓こんな感じ

typedef HRESULT(WINAPI* DllRegFncType)(void);
int WINAPI WinMain(…
{
　　// レジストリに登録されるので1回のみでOK。登録済みかどうかを設定ファイルにでも保存しておく。
　　HMODULE hModule = LoadLibrary("mp4codec.dll");
　　DllRegFncType DllRegisterServer = (FncType)GetProcAddress(hModule, "DllRegisterServer");
　　FreeLibrary(hModule);
　　DllRegisterServer(); // レジストリに登録
　　// 上の4行はsystem("regsvr32.exe /s mp4codec.dll")でも代用できる
　　// アプリをアンインストールするときはregsvr32.exe /u mp4codec.dllする

　　// 以下アプリのメインが続く

COM形式でないならdllの作者に聞かないとわからない
(COM形式かどうかはregsvr32.exe mp4codec.dllで表示されます)