たぶんSwing（が使ってるAWT）が位置情報渡せてないから設定とか弄ってもムダかと。

FreeBSDのJava移植の時に位置情報渡すと変換候補ウィンドウがあっちっこっち飛ぶ(?)ので
諦めて位置情報渡さないようにした（結果デフォルト位置であるウィンドウ左下に
変換候補ウィンドウが表示されるようになった）とかって話を読んだ記憶がある。
Linux版もその辺の処理をきちんと書ける人いなかったんじゃねーかと。