exeというか、メモリ上に展開された
プログラムの書き換えはwinなら普通にできる。

実行するたびにオペコードおなじなら、オペコードじたいを
書き換えればいいだけだから、
最低げん実行中に書き換えて、
自作のdllなどの関数と結びつけていけばいい。

事前ファイル書き換えタイプではなく、
ファイル書き換えないmodなどが
こういう動作で実現されてるのもある