muxx = subprocess.run(["muxer", f'-i input.aac?sbr', f'-o output.m4a', f'--optimize-pd', f'--file-format m4a'], stdout=subprocess.PIPE)
sys.stdout.buffer.write(muxx.stdout)

とやると、muxerコマンドからは
Error: you specified invalid option: -i input.aac?sbr.
と返ってきてしまいます。

muxx = subprocess.run(["muxer", "-i input.aac?sbr", "-o output.m4a", "--optimize-pd", "--file-format m4a"], stdout=subprocess.PIPE)
sys.stdout.buffer.write(muxx.stdout)
これでも上記と同じエラーになり、

muxx = subprocess.run([f'muxer -i input.aac?sbr -o output.m4a --optimize-pd --file-format m4a'], stdout=subprocess.PIPE)
sys.stdout.buffer.write(muxx.stdout)
これだとPythonがエラーになってしまいました。

Usageは
muxer [global_options] -i input1 [-i input2 -i input3 ...] -o output
です。

コンソールで以下のようにやると正常に動いてくれます。
$ muxer -i input.aac?sbr -o output.m4a --optimize-pd --file-format m4a
何がいけないんでしょうか？