>>50
上2つは "-i input.aac?sbr" がオプションとして認識されてそう。'-i', f'input.aac?sbr' とかで分けてくれ
3つ目は shell=True で動く（/bin/sh -c 'muxer ....' と展開される）
シェルインジェクションとかあるので、お作法として shell=True はあまり使わないほうがいいかな
詳しくはマニュアル参照

>>49
書き方は好みだからなんとも言えんなー俺ならこんな感じで書く
arg = 'hoge'
cmd = f'bash tst_cmd.sh {arg}'
resp = subprocess.run(cmd.split(), stdout=subprocess.PIPE)

スペース入りファイル名とか使うなら、パーサー作って食わすかな
import csv
def CMD_PARSER(cmd):
....return list(csv.reader([cmd], delimiter=' ', quotechar='"'))[0]

arg = 'hoge foo'
cmd = f'bash tst_cmd.sh "{arg}"'
resp = subprocess.run(CMD_PARSER(cmd), stdout=subprocess.PIPE)