まあこれは一般論で
os.systemが廃止されることはないと思うし
これまでの経験からしてDeprecatedとマークされてから2バージョンくらい移行期間があるから
仮に無くなるとしても3年くらいは大丈夫だろう

その前にプログラミングに飽きている可能性の方が高い