皆さん助言ありがとう。

処理のイメージとしては、1行ずつ読み込んで色々判定した後、1行ずつ出力していく感じです。

頂いた助言を試してみて、
事前にeofまでのループ処理で変数をカウントアップさせて、必要な行数を配列に格納させることはできました。

バイナリモードの件と合わせて、パフォーマンスの向上を目指しますm(_ _)m