PowerShell なら、

$text = @'
"ab" "x" "1"
"cd" "y" "2"
'@

$res = $text -replace "`t", ","
echo $res

"ab","x","1"
"cd","y","2"

ただし、CSV, TSV なら、要素中に列セパレーターがある場合の、処理が難しい。
こういう場合に、単純に置換すると、要素中の文字まで置換されてしまう

"a b" "x"
"a,b","x"