pythonのコード隠蔽したいのかな。
pythonを暗号化してテキストでもっておき、C++のプログラム内でメモリ上に復号、python本体に送ってキックするってことはできるよ。
メモリを覗かれてしまったらアウトだけどね。
pythonを完全に隠蔽したいならクラウドじゃないとできないな。