設定ファイルの類いは AppData フォルダに置くのがこのましいということになってる。
アプリケーションインストール用のフォルダ Program Files は書き込み権限が制限されているからそこに設定ファイルは置けない。
逆にどうしてもアプリケーションと設定ファイルを同じフォルダに置きたいなら Program Files にはインストールできない。
Msys2 内で使うソフトならホームディレクトリ (windows のホームディレクトリではなく msys2 が設定するホームディレクトリ、環境変数 HOME で取得できる) に設定ファイルを置くのが基本的な習慣。