Windowsは表面的にはシフトJISですが、内部はUTF-16です。

メモ帳がBOM付きUTF-8に対応したりとしているので、UTF-8でも特に問題ありません。

テキストエディタやOffice製品でSJISが使えなくなることは、想定しなくてもいいと思います。