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＞ただ今回考えてるのは、コンパイルせずに共有ライブラリを差し替えるって状況を想定してる
＞そのときにセグメンテーションフォールトがでないようにしたい

構造体のパラメータを追加し共有ライブラリを差し替えつつ
呼び出し側のコンパイルは行わないって無理ないか？

旧ソースで追加されたパラメータ部分は不定値であって
その不定値をうけて共有ライブラリ内部が正しく動作できるとは思えないが…