一年以上前の質問なのでまだ居るかどうか知らんけど
>ストップウォッチでラップタイムを計ってテキストファイルに出す
具体的にどうやったのか
ストップウォッチのプログラム内部で timeBeginPeriod やってる可能性がある
システム全体に影響するから他のアプリ(例えば自作の)も勝手に精度が上がってしまう
という仕様だった気がする