GitHubはサービス開始したのは2008年
それに対してjQueryは2006年リリース

GitHubが普及するまで数年はかかっただろうし
jQueryもすぐにGitHubを使ったわけではないだろうし
スターは話題になったときに一気に爆発的に増える
GitHubが主流になった頃にはそのピークはすぎてたってだけだろう