文字列として読み込めば0は消えない
あとLineInputよりクエリのがずっと速い

サンプル

Sub CSVread()
　　With Worksheets("Sheet1")　'読み込むシート
　　With .QueryTables.Add(Connection:="TEXT;C:\tmp\test.csv", Destination:=.Range("A1"))　'ファイル名とセル位置
　　　　.TextFilePlatform = 932　'文字コード指定
　　　　.TextFileCommaDelimiter = True　'カンマ区切り指定
　　　　.RefreshStyle = xlOverwriteCells　'セルに上書き
　　　　.TextFileColumnDataTypes = Array(xlTextFormat, xlTextFormat, xlTextFormat)　'各列を文字列に指定
　　　　.Refresh　'シートに読み込んで表示
　　　　.Delete　'クエリを切断
　　End With
　　End With
End Sub