もう一つ質問させてください。

id(1)

とするとある大きな正の整数が出力されます。

オブジェクト「1」のIDだと思います。

ある複雑なオブジェクト（あるクラスのインスタンスなど）にIDが割り当てられているのは理解できます。
おそらくインスタンスを作ったときにIDが割り当てられるのだと思います。

整数の場合にはどうなんでしょうか？我々は整数を使うときに整数のインスタンスを作ったりはしません。

このあたりのからくりについて教えてください。