例えば漏れは、Code Runner という拡張機能を使っているけど、

これは、Windows では正常に動くけど、
WSL2, Ubuntu 18.04 では文字化けする

拡張機能の作者が、Windows/Linux の両方に対応していない。
こういう作者は多いと思う

それか、拡張機能の設定ファイルで、変えられるのかも知れないけど