継承やShadowDOMとかでコードが長く複雑になって気軽にコンポーネントを作りにくい。
気軽に作るのに役立ちそうなtemplateタグがHTML importが無くなっちゃった関係で疎結合化し難く使いにくい。
他にも使っててなんかあったけど忘れた。

まぁその代わり強力なカプセル化出来るし、ネイティブだから速いしどこでも使えるとかって利点も強いけどね。