>>630　Perl5が使える環境であれば…

~ $ cat 20_630_isort.pl
chomp (@a = <>);
sub f {join '', reverse split'', $_[0]}
print "$_\n" for sort{f($a) cmp f($b)} @a;

~ $ cat input.txt
aaaaCB
bbbBA
cccccDB

~ $ perl 20_630_isort.pl < input.txt > output.txt

~ $ cat output.txt
bbbBA
aaaaCB
cccccDB