あんまりpython関係ないかもだけど
ちょっとした設定情報をjson形式で保存してて
更新とかするときに
json.loads,json.dumpsとopenで丸ごと上書き
ってやってるんだけどダメかな？
（他の重要というかシステムに近い設定とかはenvとかDBで管理してる）
jsonじゃなくてそういうのに特化した規格ってあるのだろうか。