そもそもが世界中の言語の発展は場当たり的な習慣の積み重ねを何千・何万年と続けてきてグダグダなんだから
それをどうがんばって整理しようとしたところでグダグダなんだわ。
元からグダグダだったのが Unicode のグダグダさとしても表れてきただけ。
言語ごと作り直しでもしない限り綺麗な符号体系にならないんで、
グダグダさと折り合いをつけてつきあっていくしかしょうがない。