一概にタイムアウトと言っても、「接続タイムアウト」と「コマンドタイムアウト」があるからどっちが発生しているかをよく確認しないとね。
接続文字列のTimeout、CommandTimeout
(もしくはコード上でef経由で個別設定しているとか)

>>939
npgsqlが吐いてる例外をInnerExceptionで見れません?