実行ファイルがそのままで、実行環境のOSのを行き来するならまず変わらんだろう
ソースをコンパイルしなおした結果として同じ配置になるかどうかは使ってるコンパイラ次第
ソースを別のコンパイラでコンパイルした時も同じ配置になるかどうかは使ってるコンパイラ次第

どんな場合においてもなんとかポータビリティを維持しようとするとテキスト化する羽目になる