#次のような集合のリストのリストrを作りました:
r = [[set(range(1,4))]*3]*3
> print(r)
[[{1,2,3}, {1,2,3}, {1,2,3}],
[{1,2,3}, {1,2,3}, {1,2,3}],
[{1,2,3}, {1,2,3}, {1,2,3}]]

#上から2番目、左から3番目の集合を更新して要素を1のみとしました:
r[1,2] = {1}

#するとr[0,2]とr[2,2]も{1}になっちゃいました:
> print(r)
[[{1,2,3}, {1,2,3}, {1}],
[{1,2,3}, {1,2,3}, {1}],
[{1,2,3}, {1,2,3}, {1}]]

r[1,2]以外が変わった原因と、r[1,2]以外が変わらないような方法教えて下さい