4000件くらいのデータのExcelファイルから
A. 特定の数十件の社員データを除いたデータファイル
B. Aで除いた数十件の社員のデータのみのファイル
を作成しなければなりません

元のファイルを2つFileCopyして
・Aから対象社員のデータをUINONメソッドでRangeに格納して一括削除
・Bから非対象社員のデータをUINONメソッドでRangeに格納して一括削除

もしくは

・Aから対象社員データをAutoFillterしてBに貼り付け
→Aから対象社員データ削除

を考えてますがどちらが速いでしょう
元の書式を活かしたExcelファイルが必要なので
CSV出力やExcelファイルにデータのみ転記することはできません