>>326, 328
その通りでした。以下に経緯を書いておきますが、解決策は有りますでしょうか？

java(JVM) は、起動時に 以下のオプションを付けました。

1. -cp で、sqlite-jdbc-3.41.2.1.jar の圧縮を展開したフォルダを指定して
　 高速化を図りました。
　 しかし、時間計測する限り、効果は全く現れなかったようです。
　 jarを指定してもメモリー中に展開されるため、SSDから個別のファイルを
　 読み込むより、読み込み時間が速くなるからだそうです。

2. -Xms800M -Xmx2G オプションをしてして GC の STOP THE WORLD が
　発生しないようにしておきました。

$ java -Xms800M -Xmx2G -cp "./;../JDBC/sqlite-jdbc-3.41.2.1" MyAppName

自分の java のソースコード内で、System.currentTimeMillis() を使って
時間計測したところ、
・トータルで 546(ms) でした。
・最初の以下の部分に 421(ms) も掛かっていることが分かりました。

String url = "jdbc:sqlite:C:/sqlite3/xxx.db";
DriverManager.getConnection( url );

つまり、データベースの接続に大量の時間がかかっています。

時間計測時は、MyAppName の stdout を java ・・・ MyAppName >a のようにして
ファイルにリダイレクトして端末への表示によって遅くなることを防ぎました。