1)で合ってるよ
通常は1だと思うって書いてるから、明示的に行った設定を許可なく書き換えることがユーザーを驚かせる良くないUIってことを分かったうえなんだろうけど

2)は仮に数千ページあったらとか、設計の筋とは別に使い勝手の話から考えてもないのは分かると思うけど、やるとしたら理由があってやむを得ずやる場合だけだね
例えば既存のままだとセキュリティがからむとかでどうしても値をどかさないといけないみたいなケースで、その場合でも告知とかなんらかの手段で
事前にユーザーに知ってもらってから書き換える