>>340
あり得ない事ならウェルカムだが、例えば、

/opt/python3/bin/python が
/opt/python3/lib/libpython.so を_参照せず、$LDPATH にしたがって
/usr/lib/libpython.so を見に行くことないの? とか、

或いは、
/usr/bin/python が
/usr/lib/libpython.so というリンクを参照したのだけど、その実体が実は
/opt/python3/lib/libpython.so だったとか。

>>327 で挙げられた pyenv というのは、何かしらそれに類した不具合を解消するのだろうと想像している。