とりあえず config.h で -m と -x のデフォルトを変えられるようにしました。
#define MIME_DECODE_DEFAULT 0
#define X0201_DEFAULT 0
で -m0 -x を指定しているのと同じ状態になります。

また、nkf -V でコンパイルオプションを表示するようにしました。
Summary of my nkf 2.0.8 (2007-12-07) configuration:
Compile-time options:
Default output encoding: ISO-2022-JP
Decode MIME encoded string: OFF
Convert JIS X 0201 Katakana: OFF
例えばこんな感じ。

なお、この修正に伴い -x 関連のコードを整理した影響で、-I -x の動作に変更があります。
旧来 -I -x では半角カタカナの入力に対して、半角カタカナを出力していましたが、
これからはゲタを返すようになります。