nkfの自動判別使った奴があるから探して使いなよ。

nkfでやりたかったら、↓のシェルスクリプト使いな。

#! /bin/sh
for i in "$@"; do
mv "$i" "$i.org"
nkf -s "$i.org" > "$i"
done

けどツール探した方が速いと思うよ、あなたの場合。