Ruby/Gtk 0.27 にはGtkNotebookに致命的なバグがあり回避するため機能を削っています。
それゆえ
> 1)タブをクリックした時、スレタイトルがそのまま
> 7)メニューの活性化のタイミングがおかしい？ スレ開いた直後に「最新」とか選べなくなってます。
は仕様です。

0.26以前か
http://sourceforge.net/tracker/index.php?func=detail&aid=534381&group_id=35786&atid=415644
にあるパッチをあてた0.27ないしsnapshot(0.28となっている)でなければそれらはうまくいきません。
# パッチは未テスト
パッチを当てた場合はRuby/Gtkのversionをいじるか、goRuaをいじってversionの判定に
かからないようにしてください。
#Debian(sid)ではRuby/Gtkが直っている可能性もありますが、goRuaはそれを検知しません。

skkinputについて、goRuaでできることはもう思い付きません。
他のメジャーなXIMサーバで同様のことが起きていないなら、
skkinputの問題だと思われます。

> 5) ... 板リストは削除出来ないので、ちょっと不便かも。板リストも編集可能にしてあると良いです。

これは板のブックマークを可能にしてほしいということでしょうか?
将来いれたいとは思います。
それまでは ~/.goRua_2ch/bookmarks ファイルを手でいじってください。