あなたが何を求めてFreeBSDやLinuxを使おうと思っているのか分かりません
ので、何が「決め手」になり得るかは不明です。
特に目的が無く、自分なりに調べて差を見出せないなら、つまりあなたにとって
有意差は無いということですから、普及率で上回るLinuxを使えば良いでしょう。

どのディストリビューションか迷って「ここが違う！」っていう決め手を求めるなら、
Linux板　http://pc5.2ch.net/linux/　へ。