mutt + maildir環境をcygwinで実現する為に >>248 のmattnさんのパッチを適用したので
報告します.

まずmaildirのファイル命名規則に関しては,
    http://cr.yp.to/proto/maildir.html
が参考になりました.

それで一般的にmaildir形式で新規メールを受けとると
    1066627659.12195_2.hostname
みたいな名前がつきますよね.
普通ならこのメールを既読にすると
    1066627659.12195_2.hostname:2,S
となりますが, コロン(:)がwindowsでは不正と扱われます.

で, mattnさんのパッチを適用し, set maildir_flagchar='_' すると
    1066627659.12195_2.hostname_2,S
となるのを期待したんですが, 実際には
    1066627659.12195_2,S
でした.  元のファイル名に '_' が含まれてるから, _2.hostnameから消しちゃったんでしょうか…

別にこれでも良かったんですが, 上記HPを参照すると, とにかくmaildirは
ファイル名がユニークである工夫をいろいろしているようなので, set maildir_flagchar='-'
にしてみたところ, 結果
    1066627659.12195_2.hostname-2,S  
と無事行きました.

おそらくこのケースでも, 元々のファイル名に '-' が含まれていたら
_2.hostnameから消す症状が再現するかもしれません.  
元々のファイル名に '_' があって '-' が無かったのがたまたまなのか,
環境依存なのかは気になるところですが, まずはcygwinでmutt と maildir
が使えるようになっただけでもよしとします.