>>329
マニュアルの3.11に
  Note: new mail is detected by comparing the last modification time to
  the last access time.  Utilities like biff or frm or any other program
  which accesses the mailbox might cause Mutt to never detect new mail
  for that mailbox if they do not properly reset the access time.
  Backup tools are another common reason for updated access times.
とありますよ.

ちなみに, 日本語マニュアルでの訳は
  注意: 新着のメールであるかどうかは変更が加えられた時間と最後にアクセス
  した時間とを比べて判断していますので、biff や frm や他のなんらかのプロ
  グラムでメールボックスにアクセスするものを使っている場合、それらのプロ
  グラムが適切にアクセスタイムをリセットしなければ Mutt は新着のメールの
  到着を判断できません。バックアップツールもアクセスタイムを変える原因の
  一つです。
でした.