NetBSDでは一般にports(FreeBSD?)ではなくpkgsrcが使われます。
NetBSDでは一般にpkgsrcで入れたものは/usr/pkgの下に置かれます。
configureは一般に/usr/pkgの下を探してくれません。
NetBSDでは一般にldconfigを使用せずrpathでライブラリのパスを埋め込みます。