勘違いしていたら申し訳ないのですが、courier-imapだとディレクトリの区切り文字
に［．」を使いますよね。
例えば私の環境でtestというディレクトリを作成すると以下のようになります。
[Windowsメーラ]
　$HOME/Maildir/.test
[mutt]
　$HOME/Maildir/test

つまり、Windowsメーラから「test」にアクセスしたい場合は特に意識する必要は
ないのですが、muttからアクセスしようとすると先頭に「．」が必要になります。