gnome2だと問題ないし、X周りの設定というか、
fluxboxの問題だと思うんだけどね。
まあマイナーな問題だからいいけど。

ところで、コンパイル時に指定する以外で
slit (~/.fluxbox/sliglist) を無効にするやり方ってある?
そもそも WM のドックアプなんて、使えないものがほとんどだし、
この機能をデフォでオンにする意味はないと思うんだよね。