※注２
使用状況：emacs26.1＋yc-5.2.1、scim-canna1.0.0(scim-1.4.9)
OS：FreeBSD12.0-RELEASE-p3(amd64)
pkg：i386-wine-devel(4.0r1)／i386-wine(3.0.4)
wime-4.0.0.tar.bz2(2018年8月5日)
※http://www.venus.sannet.ne.jp/thomas/wime/

※注３
FreeBSD12.0R(amd64)＋i386-wine(3.0.4)＋wime4.0.0＋ATOK17
の環境で使っていると不思議な挙動に気づきました。
一例ですが、以前に確定完了した「目が」を「眼が」にしたく
「めが」とタイプし、候補表示を開くと、「目が」「眼が」との
候補順表示を期待しますが、「目」「眼」の候補しか
表示されません。それで、「眼」を選んで確定した場合、
「が」が、確定文字に残らず「眼」だけになります。
変換候補の表示通りの挙動ではあるのですが。
状況としては、以下のURLを参考にできます。
https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q14158985634
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=033195
上記URLで示された画像の淡色灰色表示の「かな」が
表示されていない状況です。
つまり、語幹より後の「かな」が表示されていないのです。
※ATOK公式の画像にある「こおり」は「氷り」「氷」どちらも
候補に表示され、確定後も「り」は残るが、「り」は、
「語幹より後の存在」というよりは、表記の違いのためでは
ないか、と思います。