ntdll.so何たらは単にdllの場所を教えてないだけだったよ。
ソースコードの該当箇所を見たら環境変数で指定できるっぽかったから
# env WINEDLLPATH=/usr/local/lib/wine winecfg
wine-devel-6.3,1でためしたら他のエラーでまくったけどntdll.soがロードできない類いのエラーは無くなった。