お仕事かあー、そりゃ大変なるべく力になるよ！
winでビルドはあまりにも情報少なくて何度も折れそうになったしね

パッチはwinだとOpen Source Waresってトコが頼りになる。
あと ttps://build.opensuse.org/project/show/windows:mingw:win64
と ttp://lfsbookja.sourceforge.jp/BLFS/svn.ja/index.html
ここらで情報収集、だけどまず素でビルドしてみてどうしてもダメなら当てる
あとスクリプトビルドは極力避け地道にコツコツやるといいかも

atlasは前述した通り諦めずもうひたすらmakemakemakemake
scipyのビルド手順もどこぞに書いたのでもし興味あれば参考に
基本Open Source Waresさんの情報通りでいいんだけど、umfpackはCHOLMOD関連でエ
ラーになるのでmakeのコマンドは make CC="gcc -DCHOLMOD=0" library みたいな感
じでやるといいと思う。

guiならGraphicsMagick、qt4が必要、ちなみにimagemagickだとウチではエラー出た。
python@spyderまで視野に入れるならqt4はwebkitも有効にしなくちゃいけない。
qtはmsys上からではなくてcmdからビルド。msysのツールも使いたいので、msys上から
start cmdでコマンドプロンプトを呼び出しビルドする。
staticビルドにするなら、Open Source Waresさんのパッチは必須。winの関数の問題
であれこれライブラリ要求されるけどそれらは随時.proに追加。
それとは別にfreetypeと64bit固有の問題のパッチ当てなきゃダメだったけど、これ
は問題に遭遇した時ググればすぐ出てくる。

ちなみにOpen Source Waresさんのpython使うなら自分でビルドした方がいいと思う
何故なら、恐らくwinだと、readlineとcursesを組み合わせると挙動がおかしくなる
から。cursesはPDCでも通る(要リネーム)。組み込むならどっちかの2択だと思う。

GCCはトランクから引っ張ってビルドした4.9だけど、いやー去年に比べて随分安定し
てきたなー、以前はしょっちゅうセグメントエラー出て大変だったんだけど
こんなとこです