と、いうことで、ssh.c ssh2_channel_init() に
c->u.a.message = NULL;
を追加することで、とりあえず問題が発生しなくなりました。
putty-0.63 にパッチをあてた iceiv さん版で確認していますが、
落ちた状況をデバッガで確認した内容からすると他の環境でも同一だと思います。