>>450 のリンク先だけど、Cygwinの主な欠点って
1. forkが遅く、UNIXとの互換性も低い。
2. コマンド呼び出しの互換性が低い。Cygwinから見て実行属性のないWindowsのコマンドも実行されるため。
の2点だよね？

前者の改善は無理でも、後者の改善はできるんじゃないだろうか。
つまり、Cygwin環境のファイル以外は呼び出せなくなるモードを用意すると、
UNIXとの互換性は上がるのでは？
まあipconfig とか呼び出せなくなるから、Cygwinパッケージに追加する必要があるけど。