「AACの場合」の前後の fi と if ... の２行を else に置き換えた上で、mediainfo コマンドの直後に
「HE-AAC だった場合」以降の if/else 文を移動、ではだめかな。

$? はすぐに別のコマンドの結果を格納してしまうので、
. mediainfo ...
. MEDIAINFO_RET=$?
. ...
. if [ $MEDIAINFO_RET = 0 ] ; then ...
みたいにコマンド実行直後に別の変数に回収してみるといいかもね。