こんなのも見つけた
こっちはより一層バグっぽい感じ

abcdef
abcdef

1行目の、たとえば c の上にカーソルを置いて M-x next-logical-line すると
2行目の c に移動する
そこで C-p で1行目の c に戻り、もう一度 M-x next-logical-line すると
今度は2行目の先頭に移動する

Emacs 24では再現しない
また M-x … ではなく、global-set-key でキーに割り当てた next-logical-line でも再現しない
この現象は (setq line-move-visual nil) した状態なら、M-x next-line でも再現する