> jpgとcsvをgoogleドライブにアップロードしてから、ダウンロードすると勝手にzipなりますよね
これは、googleドライブが画像ファイルになんらかの処理をした上で、zipにまとめたものだろ

> /usr/local/bin/zipって、windowsのzipと微妙に違うのかな
全然的外れな推測だと思う

エラーのでるzipとでないzipを比較してみるくらいの知恵は無いのか?