まさにそのエンプティを使った方法で解決できました。
エクスポーターに「エンプティのみ」というような指定もできたので編集時はメッシュをコンストレインかけた状態であたりが付けられるようにしてエクスポート時には除外するのとができました。
できるだけシンプルなメッシュで出力するというのもやってみましたが、やはりエンプティのみのデータの3倍ぐらいは大きくなってしまいました。