ＣＦ2.5に限らず、トランジションの仕組みで考えれば問題は
シェーダーエフェクトをオブジェクトに掛けている場合、トランジション効果が得られない可能性があるということ

内部で同じような処理をしている場合（シェーダーエフェクト優先中）、例えばエフェクトのＬｉｎｅａｒ Lightなどは
トランジションの「フェード処理、モザイク処理」と相性が悪い。　シェーダーの処理によってトランジション効果が得られない。

・トランジションの効果を得るには、相性の悪いエフェクトを併用しないこと（または調整する）
・アプリケーションプロパティの高性能ＧＰＵにCHECKを入れ、処理を軽くする

※エフェクトとの組み合わせの問題が存在することを前提に設定すれば、無駄や手間を避けられるはず（Ver291.6前提）